کتاب Bioinformatics with Python Cookbook (بیوانفورماتیک با کتاب راهنمای پایتون: استفاده از کتابخانه‌ها و برنامه‌های کاربردی مدرن پایتون برای حل مسائل زیست‌شناسی محاسباتی دنیای واقعی، ویرایش سوم) راهنمای کامل پیاده‌سازی الگوریتم‌های و الگوهای زیست‌شناسی با استفاده از زبان برنامه‌نویسی پایتون است. این کتاب در 12 فصل به آموزش مباحث زیست و پیاده‌سازی آن‌ها با استفاده از پایتون خواهد پرداخت.
در ادامه مقدمه‌ای از کتاب Bioinformatics with Python Cookbook را از زبان نویسنده شرح خواهیم داد.
مقدمه‌ای بر کتاب Bioinformatics with Python Cookbook:
بیوانفورماتیک یک زمینه تحقیقاتی فعال است که از طیف وسیعی از محاسبات ساده تا پیشرفته برای استخراج اطلاعات ارزشمند از داده‌های بیولوژیکی استفاده می‌کند و این کتاب به شما نشان می‌دهد که چگونه این وظایف را با استفاده از پایتون مدیریت کنید.
این نسخه به روز شده کتاب راهنمای Bioinformatics with Python با مروری سریع بر ابزارها و کتابخانه‌های مختلف در اکوسیستم پایتون آغاز می‌شود که به شما کمک می‌کند مجموعه داده‌های بیولوژیکی را تبدیل، تجزیه و تحلیل و تجسم کنید. با پیشروی در فصل‌ها، تکنیک‌های کلیدی برای توالی‌یابی نسل بعدی، آنالیز تک سلولی، ژنومیک، متاژنومیکس، ژنتیک جمعیت، فیلوژنتیک و پروتئومیکس را با کمک مثال‌های دنیای واقعی پوشش خواهید داد.
شما یاد خواهید گرفت که چگونه با سیستم‌های خط لوله مهم مانند سرورهای Galaxy و Snakemake کار کنید و ماژول‌های مختلف در پایتون را برای برنامه‌نویسی کاربردی و ناهمزمان درک خواهید کرد. این کتاب همچنین به شما کمک می‌کند تا موضوعاتی مانند کشف SNP را با استفاده از رویکردهای آماری تحت چارچوب‌های محاسباتی با کارایی بالا، از جمله Dask و Spark، و کاربرد الگوریتم‌های یادگیری ماشین در بیوانفورماتیک بررسی کنید.
در پایان این کتاب پایتون بیوانفورماتیک، شما به دانشی برای پیاده‌سازی جدیدترین تکنیک‌ها و چارچوب‌های برنامه‌نویسی مجهز می‌شوید که به شما امکان می‌دهد با داده‌های بیوانفورماتیک در هر مقیاسی مقابله کنید.
کتاب Bioinformatics with Python Cookbook برای چه کسی است؟
این کتاب برای تحلیلگران بیوانفورماتیک، دانشمندان داده، زیست شناسان محاسباتی، محققان و توسعه‌دهندگان پایتون است که می‌خواهند به مشکلات بیولوژیکی و بیوانفورماتیک متوسط تا پیشرفته بپردازند. دانش کاری زبان برنامه‌نویسی پایتون انتظار می‌رود. دانش اولیه زیست‌شناسی مفید خواهد بود.
آنچه کتاب Bioinformatics with Python Cookbook پوشش می‌دهد:
فصل 1، پایتون و محیط زیست نرم‌افزارهای اطراف، به شما می‌گوید که چگونه یک محیط زیست انفورماتیک مدرن با پایتون راه اندازی کنید. این فصل نحوه استقرار نرم افزار با استفاده از Docker، رابط با R و تعامل با نوت‌بوک‌های Jupyter را مورد بحث قرار می‌دهد.
فصل 2، آشنایی با NumPy، Pandas، Arrow و Matplotlib، کتابخانه‌های اساسی پایتون را برای علم داده معرفی می‌کند: NumPy برای پردازش آرایه و ماتریس. Pandas برای دستکاری داده‌های مبتنی بر جدول. فلش برای بهینه‌سازی پردازش Pandas و Matplotlib برای نمودار.
بیشتر بخوانید: کتاب The Pandas Workshop
فصل 3 کتاب Bioinformatics with Python Cookbook، توالی‌یابی نسل بعدی، راه حل‌های مشخصی را برای مقابله با داده‌های توالی‌یابی نسل بعدی ارائه می‌دهد. این فصل به شما می‌آموزد که چگونه با فایل‌های بزرگ FASTQ، BAM و VCF برخورد کنید. همچنین فیلترینگ داده‌ها را مورد بحث قرار می‌دهد.
فصل 4، پردازش پیشرفته NGS، تکنیک‌های برنامه‌نویسی پیشرفته برای فیلتر کردن داده‌های NGS را پوشش می‌دهد. این شامل استفاده از مجموعه داده‌های مندلی است که سپس توسط آمار استاندارد تجزیه و تحلیل می‌شوند. ما همچنین تجزیه و تحلیل متاژنومیک را معرفی می‌کنیم.
فصل 5 کتاب Bioinformatics with Python Cookbook، کار با ژنوم‌ها، نه تنها به مراجع با کیفیت بالا – مانند ژنوم انسان – می‌پردازد، بلکه چگونگی تجزیه و تحلیل دیگر مراجع با کیفیت پایین معمول در گونه‌های غیرمدل را نیز مورد بحث قرار می‌دهد. پردازش GFF را معرفی می‌کند، به شما می‌آموزد که اطلاعات ویژگی‌های ژنومی را تجزیه و تحلیل کنید، و نحوه استفاده از هستی‌شناسی‌های ژن را مورد بحث قرار می‌دهد.
فصل 6، ژنتیک جمعیت، نحوه انجام تجزیه و تحلیل ژنتیک جمعیت مجموعه داده‌های تجربی را شرح می‌دهد. برای مثال، در پایتون، می‌توانیم تجزیه و تحلیل مؤلفه‌های اصلی، FST رایانه یا نمودارهای ساختار/آمیختگی را انجام دهیم.
فصل 7 کتاب Bioinformatics with Python Cookbook، فیلوژنتیک، از توالی کامل ویروس‌های ابولا که اخیراً توالی‌یابی شده‌اند، برای انجام آنالیز فیلوژنتیک واقعی، که شامل بازسازی درخت و مقایسه‌های توالی است، استفاده می‌کند. این فصل در مورد الگوریتم‌های بازگشتی برای پردازش ساختارهای درخت مانند بحث می‌کند.
فصل 8، با استفاده از بانک داده‌های پروتئین، بر پردازش فایل‌های PDB، به عنوان مثال، انجام تجزیه و تحلیل هندسی پروتئین‌ها تمرکز دارد. این فصل نگاهی به تجسم پروتئین دارد.
فصل نهم کتاب Bioinformatics with Python Cookbook، خطوط لوله بیوانفورماتیک، دو نوع خط لوله را معرفی می‌کند. اولین نوع خط لوله، کهکشان مبتنی بر پایتون است، یک سیستم پرکاربرد با یک رابط وب که عمدتاً کاربران غیر برنامه‌نویس را هدف قرار می‌دهد، اگرچه بیوانفورماتیکان ممکن است همچنان مجبور باشند از طریق برنامه‌نویسی با آن تعامل داشته باشند. نوع دوم مبتنی بر snakemake و nextflow خواهد بود، نوعی خط لوله که برنامه نویسان را هدف قرار می‌دهد.
فصل 10، یادگیری ماشین برای بیوانفورماتیک، یادگیری ماشین را با استفاده از یک رویکرد بصری برای مقابله با مشکلات زیست‌شناسی محاسباتی معرفی می‌کند. این فصل تجزیه و تحلیل مؤلفه‌های اصلی، خوشه بندی، درختان تصمیم و جنگل‌های تصادفی را پوشش می‌دهد.
فصل 11، پردازش موازی با Dask و Zarr، تکنیک‌هایی را برای مقابله با مجموعه داده‌های بسیار بزرگ و الگوریتم‌های محاسباتی فشرده معرفی می‌کند. این فصل نحوه استفاده از محاسبات موازی در بسیاری از رایانه‌ها (خوشه ای یا ابری) را توضیح می‌دهد. ما همچنین در مورد ذخیره سازی کارآمد داده‌های بیولوژیکی بحث خواهیم کرد.
فصل 12، برنامه‌نویسی تابعی برای بیوانفورماتیک، برنامه‌نویسی تابعی را معرفی می‌کند که امکان توسعه برنامه‌های پیچیده تری پایتون را فراهم می‌کند که از طریق برنامه‌نویسی تنبل و تغییرناپذیری آسان تر در محیط‌های موازی با الگوریتم‌های پیچیده استقرار می‌یابند.
سرفصل‌های کتاب Bioinformatics with Python Cookbook:
- Contributors
- About the author
- About the reviewers
- Preface
- Chapter 1: Python and the Surrounding Software Ecology
- Chapter 2: Getting to Know NumPy, pandas, Arrow, and Matplotlib
- Chapter 3: Next-Generation Sequencing
- Chapter 4: Advanced NGS Data Processing
- Chapter 5: Working with Genomes
- Chapter 6: Population Genetics
- Chapter 7: Phylogenetics
- Chapter 8: Using the Protein Data Bank
- Chapter 9: Bioinformatics Pipelines
- Chapter 10: Machine Learning for Bioinformatics
- Chapter 11: Parallel Processing with Dask and Zarr
- Chapter 12: Functional Programming for Bioinformatics
- Index
- Other Books You May Enjoy
جهت دانلود کتاب Bioinformatics with Python Cookbook می‌توانید پس از پرداخت، دریافت کنید.
دیدگاهها
هیچ دیدگاهی برای این محصول نوشته نشده است.